Второй правовой блок Федерального закона, создавая правовые условия для становления и развития конкурентной среды в сфере железнодорожных перевозок, направлен на формирование системы государственного управления железнодорожным транспортом, которая позволила бы в полной мере обеспечить надлежащее государственное воздействие на всех субъектов рынка железнодорожных перевозок, а также обеспечить согласованность и эффективное функционирование железнодорожного транспорта как общего, так и необщего пользования. Формирование указанной системы осуществлялось исходя из следующих принципов. Из числа функций государственного управления исключаются вопросы организации хозяйственной деятельности предприятий отрасли (например, создание, реорганизация и ликвидация юридических лиц в отрасли, распоряжение их имуществом, распределение доходов от перевозок, управление перевозочным процессом и ряд иных). Эти функции будут осуществляться организациями железнодорожного транспорта самостоятельно, без участия государственных органов. Вводятся новые функции государственного управления исходя из развития конкурентной среды (например, лицензирование, обязательная сертификация оказываемых услуг и иные). Устанавливаются единые технические требования к железнодорожным путям (общего и необщего пользования) и желез нодорожному подвижному составу вне зависимости от принадлежности. Предусматривается совершенствование структуры государственных органов и их управленческих функций, исключение соответствующего дублирования функций.

Система государственного управления на железнодорожном транспорте характеризуется следующими основными позициями. В статье 4 Федерального закона определены цели государственного управления на железнодорожном транспорте. Так, государственное регулирование в области железнодорожного транспорта общего пользования осуществляется в целях: обеспечения баланса интересов государства, пользователей услугами железнодорожного транспорта и организаций железнодорожного транспорта общего пользования; обеспечения целостного, эффективного, безопасного и качественного функционирования железнодорожного транспорта общего пользования, а также его комплексного развития.