Федеральным законом вводится также обязательная сертификация услуг, оказываемых пользователям услуг железнодорожного транспорта. При несоблюдении установленных стандартов качества обслуживания действие лицензии перевозчика и владельца инфраструктуры приостанавливается или прекращается. При этом обозначен единый центр по организации обязательной сертификации на железнодорожном транспорте как общего, так и необщего пользования - федеральный орган исполнительной власти в области железнодорожного транспорта (Министерство путей сообщения Российской Федерации). Такая централизация функций позволит обеспечить единство требований по обязательной сертификации на всем железнодорожном транспорте как единой комплексной отрасли.

В связи с необходимостью создания условий для развития конкуренции в отрасли существенное изменение претерпела система государственного регулирования тарифов. Статья 8 Федерального закона устанавливает, что тарифы, сборы и плата, связанные с выполнением в местах общего и необщего пользования работ (услуг), относящихся к сфере естественной монополии, устанавливаются в соответствии с Федеральным законом «О естественных монополиях» и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации на основе себестоимости и уровня рентабельности, обеспечивающего безубыточность деятельности организаций железнодорожного транспорта и индивидуальных предпринимателей на железнодорожном транспорте. В то же время, тарифы, сборы и плата, не относящиеся к сфере естественной монополии, устанавливаются на договорной основе и контролируются государством в соответствии с законодательством о конкуренции и об ограничении монополистической де ятельности на товарных рынках. Законодателем созданы правовые основы для установления единой процедуры государственного регулирования тарифов как общего, так и необщего пользования через орган регулирования естественной монополии. Обусловлено это отчасти тем, что существовавшая система регулирования тарифов субъектами была недостаточно эффективна и на практике вызывала нарекания как у пользователей услугами железнодорожного транспорта, так и у железных дорог.