Осуществление всех этих видов государственного контроля и надзора на железнодорожном транспорте как общего, так и необщего пользования, сконцентрировано не в трех, как это было ранее, а в одном федеральном органе исполнительной власти - МПС России. Уполномоченные представители МПС России вправе налагать штрафы, предусмотренные главой 11 Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях, а также выносить предписания об устранении выявленных нарушений. Данные предписания являются обязательными для исполнения. За их неисполнение наступает ответственность, предусмотренная статьей 19.5 этого Кодекса. Необходимо отметить, что Федеральным законом «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при проведении государственного контроля (надзора)» введены ограничения по частоте государственных проверок (не чаще одного раза в два года), по продолжительности этих проверок (не более одного месяца) и ряд иных. Учитывая стратегическую важность железнодорожного транспорта, статьей 33 Федерального закона предусмотрено, что указанные ограничения не распространяются на осуществление государственного контроля (надзора) в области обеспечения безопасности движения, экологической безопасности и санитарно-эпидемиологического благополучия на железнодорожном транспорте.

Важная роль в системе государственного управления на железнодорожном транспорте отведена руководству мобилизационной подготовкой и гражданской обороной на железнодорожном транспорте общего пользования, которое осуществляется МПС России. Статьей 32 установлено, что данные вопросы являются важнейшими государственными задачами по обеспечению безопасности Российской Федерации. Мероприятия по мобилизационной подготовке и гражданской обороне должны осуществляться заблаговременно организациями железнодорожного транспорта независимо от форм собственности. Ответственность за надлежащее осуществление указанных мероприятий несут руководители этих организаций.