Управление имуществом ж.д. и других предприятий ж.-д. транспорта, относящегося к государственной федеральной собственности, осуществляется в порядке, установленном Гражданским кодексом Российской Федерации и другими законодательными актами, касающимися государственных унитарных предприятий с закрепленным за ними имуществом на праве хозяйственного ведения. Управление перевозочным процессом на железнодорожном транспорте осуществляется централизованно и относится к исключительной компетенции федерального органа исполнительной власти в области железнодорожного транспорта. Органы государственной власти субъектов федерации и местного самоуправления не вправе вмешиваться в деятельность ж.-д. транспорта, связанную с перевозочным процессом, за исключением случаев, предусмотренных законодательством Российской Федерации. Компетенция федерального органа исполнительной власти в области железнодорожного транспорта, функции, полномочия и ответственность железных дорог, других предприятий и учреждений ж.-д. транспорта определяются федеральными законами и нормативными правовыми актами Российской Федерации. Создание, реорганизация и ликвидация железных дорог производятся федеральным органом исполнительной власти в области ж.-д. транспорта по решению Правительства Российской Федерации.

Тарифы на перевозки пассажиров, грузов, багажа и грузобагажа по железным дорогам устанавливают на основе государственной бюджетной, ценовой и тарифной политики в соответствии с законодательством Российской Федерации в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации. Федеральным законом также регламентируются вопросы безопасности движения, охраны грузов и объектов ж.-д. транспорта, организации работы дорог в особых условиях, трудовых отношений и дисциплины, ответственности на ж.-д. транспорте и др.