В связи с выделением в системе железнодорожного транспорта новых субъектов в Устав включена глава, регулирующая основы взаимодействия владельцев инфраструктур и перевозчиков при подготовке и осуществлении перевозок пассажиров, грузов, багажа и грузобагажа. Устав устанавливает, что владельцы инфраструктур и перевозчики для осуществления перевозок заключают договоры о предоставлении услуг по использованию инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования. В указанных договорах определяются предполагаемые объемы и сроки осуществления перевозок, перечень и стоимость оказываемых услуг, порядок расчетов и способы оплаты. Эти договоры являются публичными (владельцы инфраструктур не вправе отказать перевозчикам в заключении таких договоров).

Согласно Уставу перевозки могут осуществляться перевозчиком только на железнодорожных путях общего пользования. Между тем, поскольку большая часть перевозок зарождается (или завершается) на подъездных путях, Уставом в отдельной главе также урегулированы вытекающие из этого особенности, включая вопросы взаимодействия перевозчиков с владельцами железнодорожных путей необщего пользования.

Вопросы взаимодействия с другими видами транспорта (морским, речным, автомобильным, воздушным) рассмотрены в главе «Перевозки грузов в прямом смешанном сообщении». Перевозки грузов в прямом смешанном сообщении осуществляются на основании единого транспортного документа (транспортной накладной), оформленного на весь маршрут следования груза. Правила организации таких перевозок разрабатываются и утверждаются в установленном порядке совместно федеральными органами исполнительной власти в области соответствующих видов транспорта.