В области тарифной политики ЦФТО МПС принимает участие в разработке международных и региональных тарифных соглашений по перевозке грузов на основе тарифной политики железных дорог стран СНГ; разрабатывает предложения к тарифной политике железных дорог стран СНГ на перевозки грузов в международном сообщении; разрабатывает в рамках тарифного соглашения железнодорожных администраций стран СНГ проекта тарифной политики железных дорог на перевозки грузов в международном сообщении и обеспечивает согласование этого проекта с МПС России.

К функциям ЦФТО относится также анализ действующих тарифов на грузовые перевозки и подготовка предложений по повышению их эффективности с целью увеличения объемов перевозок грузов; анализ предложений о предоставлении конкурентоспособных тарифных ставок на перевозку грузов и подготовка материалов и проектов решений; проведение совместно с причастными департаментами и управлениями МПС России постоянной работы с железными дорогами по применению положений тарифной политики железных дорог стран СНГ и контроль за правильностью ее применения.

В области внешнеэкономической деятельности основными функциями ЦФТО МПС являются реализация стратегии внешнеэкономической деятельности МПС России; участие в переговорах, конференциях, совещаниях с представителями иностранных железных дорог, международных организаций и фирм; подготовка предложений и участие в разработке новых и совершенствовании действующих договоров (контрактов, соглашений), правил, тарифов, инструкций и других нормативных документов, регламентирующих организацию международных железнодорожных грузовых перевозок; переписка с железными дорогами, организациями и предприятиями Российской Федерации, иностранными железными дорогами, другими иностранными партнерами по вопросам международных железнодорожных перевозок.