В области контейнерных перевозок ЦФТО МПС обеспечивает нормирование работы контейнерного парка и контроль за выполнением технических норм использования контейнеров парка Российских железных дорог, стран СНГ и Балтии и других собственников; разработку и согласование объемов перевозок грузов в контейнерах в международном железнодорожном сообщении; определяет потребность железных дорог в контейнерах для удовлетворения платежеспособного спроса на перевозки грузов; подготавливает мероприятия по организации перевозок грузов в контейнерах федеральным железнодорожным транспортом в прямом смешанном сообщении с участием других видов транспорта; разрабатывает и согласовывает с причастными департаментами и управлениями МПС России проекты договоров на предоставление в пользование экспедиторов и грузоотправителей контейнеров собственности Российских железных дорог; обеспечивает контроль за своевременным получением денежных средств за пользование контейнерами собственности Российских железных дорог при международных и смешанных железнодорожных перевозках.

ЦФТО МПС России осуществляет также взаимодействие СФТО с федеральными органами исполнительной власти, иностранными железными дорогами, организациями других видов транспорта; разработку и подготовку предложений по корректировке действующей в СФТО учетно-отчетной документации; разработку нормативно-правового и методическо го обеспечения СФТО; подготовку и проведение аттестации дорожных центров фирменного транспортного обслуживания.

Основные задачи ДЦФТО, РАФТО и АФТО практически аналогичны задачам ЦФТО: обеспечение совместно с причастными службами железной дороги комплексного транспортного обслуживания пользователей услуг федерального железнодорожного транспорта; увеличение доходов железной дороги от перевозок грузов и оказания услуг пользователям федерального железнодорожного транспорта; обеспечение оперативного учета доходных поступлений, полноты и своевременности расчетов с пользователями услуг федерального железнодорожного транспорта за перевозки грузов; организация работы региональных агентств, агентской сети и технологических центров по обработке перевозочных документов; взаимодействие с экспедиторскими, операторскими, страховыми компаниями и таможенными органами; разработка и реализация новых видов транспортных услуг; развитие агентской сети.