После завершения процесса внесения имущества в уставный капитал ОАО РЖД и оформления правопреемства соответствующие организации федерального железнодорожного транспорта с нулевым балансом прекращают свою деятельность и исключаются из Единого государственного реестра юридических лиц.

Одновременно с созданием ОАО РЖД Федеральным законом предусматривается образование на базе имущества железнодорожных организаций в сфере торговли, строительства, промышленности, ремонта, подпадающих под критерии, указанные в пункте 2 статьи 4, самостоятельных (независимых от ОАО РЖД) акционерных обществ. Акции этих обществ будут принадлежать государству до решения вопроса об их продаже.

Второй блок Федерального закона регулирует отношения, возникающие после завершения процесса приватизации имущества федерального железнодорожного транспорта: определяет принципы функционирования созданного ОАО РЖД, особенности его правового положения, действенные механизмы го сударственного контроля за деятельностью этого акционерного общества, в том числе в части сохранности его активов и эффективности использования переданного ему имущества. Среди вопросов второго блока необходимо отдельно выделить две основные особенности. Первая особенность - 100 процентов акций ОАО РЖД будет принадлежать государству без возможности его отчуждения иначе, как путем принятия отдельного закона (статья 7). Такая конструкция позволит сохранить полный государственный контроль за деятельностью этого акционерного общества, поскольку два основных органа управления ОАО РЖД (общее собрание акционеров и совет директоров) будут состоять целиком из представителей государства, а единоличный исполнительный орган (президент) этого акционерного общества будет назначаться и освобождаться от должности Правительством Российской Федерации.