Экономика ж.-д. транспорта занимается также проблемами: организации и планирования труда; заработной платы; совершенствования механизма управления отраслью в целом, ее подразделениями, службами, хозяйствами, линейными производственными структурами; формирования доходов ж. д. и др.

Как научная дисциплина экономика изучает ж.-д. транспорт с точки зрения отношений вещественной (техника и технология) и невещественной (организация, планирование, управление и др.) сторон его деятельности, конкретизирует проявление общих законов и закономерностей экономики применительно к условиям транспорта. Методологической ос новой экономики ж.-д. транспорта является системный подход к транспорту как сложной и динамичной отрасли, развивающейся в тесной взаимосвязи с другими отраслями и видами транспорта в соответствии с перспективными целями и потребностями текущего момента. Пути развития ж.-д. транспорта и повышения его эффективности определяют не отдельные, изолированные факторы, а комплекс требований экономического, социального и политического характера к спросу на транспортные услуги.

Специфический метод исследования экономики ж.-д. транспорта - экономический анализ, который использует понятия отраслевых экономических наук. С развитием вычислительной техники и информатизации, расширением возможностей их применения для решения научных и производственных задач в экономике ж.-д. транспорта все шире привлекаются экономико-математические методы - математическая статистика, теория вероятностей, математическое программирование, приемы экономической кибернетики, которые, как правило, используются в сочетании с компьютерной техникой. Существенное значение имеет применение имитационных и других разновидностей моделирования с помощью ЭВМ. Моделируемые объекты (станция, депо, ж.д. и др.) или процессы (расформирование состава, перегрузка и др.) представляются в некоторой упрощенной форме, отражающей лишь наиболее существенные свойства их производственно-технологической структуры и функций. Экономический анализ с описанием задач экономики ж.-д. транспорта на обычном языке предшествует их математической формулировке и отысканию алгоритмов.