Поскольку конструкции специализированных вагонов предназначены для перевозок конкретных грузов, провозные платы установлены для фиксированной загрузки. Более высокий уровень тарифов при использовании специализированных вагонов по сравнению с универсальными связан с повышенным порожним пробегом, но окупается экономией грузовладельцев, связанной с обеспечением сохранности грузов, погрузочно-разгрузочных операций и подготовки подвижного состава.

Для стимулирования укрупнения отправок скоропортящихся грузов установлены дополнительные коэффициенты за число грузовых вагонов в рефрижераторной секции: для полносоставной секции из четырех вагонов - коэффициент 1, из трех, двух вагонов и при одном вагоне (автономный рефрижераторный вагон) - соответственно: 1,1; 1,4; 1,7, а при пяти грузовых вагонах (секции увеличенной грузоподъемности) - 0,85. При перевозках в цистернах плата определяется умножением тарифных ставок в рублях за тонну на фактическую массу груза.

Отдельные тарифные схемы установлены для мелких отправок и контейнеров. Для собственных и арендованных вагонов и контейнеров из тарифов исключены затраты их владельцев и арендаторов по амортизации и плановым ремонтам. За порожний пробег собственного и арендованного подвижного состава дополнительно взимается плата, в отличие от варианта перевозок общесетевым парком, порожнее передвижение которого регулируется МПС, и поэтому расходы по нему включены в среднем размере в тарифные схемы.

Отдельные тарифные схемы установлены за передвижение по федеральным ж.-д. линиям поездных формирований из собственных вагонов и локомотива. Более высокие платы предусмотрены при использовании электровоза с учетом потребления электроэнергии от контактной сети. Экономия ж. д. при следовании грузов и перемещении собственных порожних вагонов отправительскими маршрутами за счет сокращения маневровой работы учитывается в соответствующей скидке с провозной платы.