В кон. 80-х - нач. 90-х гг. получили развитие направления Благодатное-Будённовск,

Песчанокопская-Красная Гвардия. Через Терек дорога прошла по двухпутному мосту на участке Гудермес-Червлёная (1989 г.). Электрифицирована линия Тимашевская - Протока; введена электрическая централизация на участке Цимлянская-Куберле. Построены западный обход ст. Батайск (1990 г.) и восточный обход ст. Лихая (1991 г.).

Дорога имеет высокое техническое оснащение: в управлении перевозочным процессом широко применяются автоматизированные системы (ст. Батайск, Краснодар, Ростов-То-варный, Тихорецкая и др.); в пассажирских перевозках действует система «Экспресс-2». В системах диспетчерской централизации используется микропроцессорная техника.

Серьезные изменения произошли на дороге в 90-е гг. с принятием решения о создании Южного регионального центра управления (ЮРЦУП). Основным линейным звеном эксплуатационной работы стали опорные станции: в 2001 г. на дороге работало 34 опорные станции. Концентрация управления позволила улучшить эксплуатационную и грузовую работу. Полнее стали использоваться машины и механизмы; создаются оптико-волоконные линии связи: линия Чертково-Ростов-Ново-российск-Адлер позволит создать дорожную цифровую сеть связи.

На дороге решается задача повышения допускаемых скоростей движения пассажирских поездов до 120-140 км/ч на направлениях Москва-Ростов-Адлер, Москва-Минераль-ные Воды-Кисловодск. Больших затрат потребовало оздоровление пути, которое осуществляется с применением новых путевых машин РМ-76, ЩОМ6Б, СЧ-600, ВПР-09-32. Машины нового поколения работают в комплексе с динамическим стабилизатором пути и планировщиком балласта.