В 1998 г. и последующие годы после спада наметилась тенденция роста перевозок, что в сочетании с мерами по снижению себестоимости перевозок позволило повысить рентабельность работы отрасли. С целью повышения эффективности и качества железнодорожных перевозок, сбалансирования их стоимости для товаропроизводителей, снижения транспортной составляющей в конечной цене продукта Правительство Российской Федерации в мае 2001 г. приняло постановление «О Программе структурной реформы на железнодорожном транспорте». Программа рассчитана на 10 лет, до конца 2010 г. с постепенным и поэтапным осуществлением предусмотренных мероприятий. Предполагается создание государственного открытого акционерного общества «Российские железные дороги» (ОАО «РЖД»), 100% акций которого будут принадлежать государству, к которому перейдут от МПС функции хозяйствующего субъекта. В последующем намечено формирование и выделение из ОАО «РЖД» его дочерних структур - акционерных компаний по направлениям деятельности, которые не относятся к сфере естественных монополий. В собственности ОАО «РЖД» останется вся производственная инфраструктура - пути, энергетика, СЦБ и связь, локомотивное и вагонное хозяйства, управление перевозочным процессом, медицина, связанная с обеспечением технологии перевозок, часть социальной инфраструктуры, в первую очередь на линейных станциях, там, где железнодорожные предприятия являются градообразующими.

Программой структурной реформы на железнодорожном транспорте предусматривается, что отрасль может существовать и полноценно функционировать лишь в качестве целостной, централизованно управляемой системы с широкой гаммой функций не только экономического, но и социального и оборонного характера. Это требует скрупулезного неформального, всесторонне выверенного подхода к ее реорганизации и развитию. Стратегическими ориентирами являются: