Выделяются два основных комплекса подсистем: функциональный и обеспечивающий. Функциональный комплекс соответственно управляет основными логистическими функциями (транспортировкой, складированием, грузопереработкой, упаковкой, запасами и т. д.) в снабжении, производстве и распределении. Поэтому выделяются подсистемы: дистрибуции (сбыта/распределения); поддержки производственных процессов; снабжения (управления закупками).

Обеспечивающий комплекс традиционно включает организационно-экономическую, правовую и информационно-компьютерную поддержку, экологическое и эргономическое обеспечение логистики.

Звеном логистической системы называется некоторый экономически и/или функционально обособленный объект, не подлежащий дальнейшей декомпозиции в рамках поставленной задачи анализа или синтеза логистической системы и выполняющий локальную целевую функцию. В качестве звеньев логистической системы могут выступать предприятия-поставщики, производственные предприятия и их подразделения, сбытовые предприятия, торговые и посреднические организации, транспортные предприятия и банки и т. п.

Реальными звеньями, из которых может состоять логистическая система, являются:

- различные формы собственности и организационно-правовые формы;

- различия в характере и целях функционирования;

- различия в производственной мощности, уровне концентрации производства, используемом технологическом оборудовании, потребляемых ресурсах;

- рассредоточенность технических средств и трудовых ресурсов на большой территории;

- экстерриториальность и высокая мобильность средств транспорта;

- зависимость результатов деятельности от большого числа внешних факторов и смежных звеньев;