Нередко одни проблемы накладываются на другие. Например, когда требуется добиться максимально совместимости системы горизонтальных технологических связей с вертикальными управленческими (административными).

В промышленно-транспортных узлах очень важно согласовать ритм производства большого числа продуцентов (желательно большинства производителей) с ритмом перевозочного процесса. Формирование макрологистических систем в значительной степени зависит от хода процесса интеграции производства соответствующей сферы, создания единой транспортной системы на региональном и государственном уровнях, а в конечном итоге, от активизации формирования единого экономического пространства и среды, в которых оптимально согласованы территориальные и экономические интересы. Только в этом случае могут быть реализованы потенциальные возможности для стратегического и оперативного управления материальными, информационными, финансовыми, энергетическими и трудовыми потоками.

Повышенные требования к функционированию сложных логистических систем в полной мере могут быть реализованы только с помощью комплексной автоматизированной системы управления, обладающей высокими адаптационными свойствами с широким охватом координационных возможностей при оптимальном согласовании ее отдельных элементов, представляющих собой гибкие модули.

Очевидно, что глобальная интеграция большого числа микрологистических систем начинается на региональном уровне - в областях, промышленных районах, территориально-производственных комплексах. К сожалению, вопросы формирования транспортных и складских сетей на этом уровне часто рассматриваются разобщено. Основная причина -ведомственные или групповые интересы. Иногда к созданию транспортной сети относятся как к сочетанию путей (линий) перемещения грузов, причем взаимодействие различных видов транспорта в перевозочном процессе, хотя и провозглашается, но на практике учитывается не всегда.