Любой блок управления не может работать сам по себе. Необходим набор инструкций или программы управления, которые и определяют функциональное назначение данного компьютера. Эти программы состоят из отдельных блоков. Одни блоки содержат математические и логические инструкции по обработке данных и выработке управляющих команд. Другие содержат данные, относящиеся к характеристикам транспортного средства: модель двигателя и все характеристики, связанные с ней, передаточное отношение главной передачи и др.

Математические зависимости и константы записываются в память блока управления в виде матриц. Блок управления постоянно считывает из них нужную в данный момент времени информацию и использует ее для принятия решения по управлению трансмиссией.

Реальные условия эксплуатации автомобиля часто бывают несколько отличны от тех, которые можно смоделировать во время стендовых и тестовых испытаний, проводимых во время создания и доводки трансмиссии. В результате на начальной стадии эксплуатации автомобилей со стороны водителей возникают нарекания, для устранения которых программы управления достаточно часто модифицируются и пересматриваются.

В блоках управления более раннего выпуска часто устанавливался отдельный чип с программой управления. Это позволяло усовершенствовать программу управления без замены всего блока управления, заменяя при этом только сам чип. Кроме того, такое решение позволяло использовать один и тот же блок управления на различных моделях автомобилей, заменяя в нем только чип с управляющей программой.

В автомобилях более позднего выпуска в блоках управления стали использовать программируемые запоминающие устройства. Такие устройства позволяют с помощью специальных приборов достаточно оперативно корректировать программы управления, ничего не изменяя в самом блоке управления.

На начальном этапе движения, когда двигатель и трансмиссия еще недостаточно прогреты, необходимо обеспечить их защиту от перегрузок. Для этого в блоке управления имеется специальная программа, в соответствии с которой управление двигателем и трансмиссией осуществляется без обратной связи, т.е. без учета фактических значений параметров состояния двигателя и трансмиссии. В этом случае для принятия решений блок управления использует только данные, записанные в его памяти.

Работа двигателя без обратной связи характеризуется обогащенной смесью, что требует отмены работы системы дожигания отработанных газов и изменения угла опережения зажигания. Для трансмиссии этот режим характеризуется запретом блокировки гидротрансформатора и более поздними по оборотам двигателя переключениями передач.

Хотя блок управления двигателя не учитывает изменение входных сигналов, но он непрерывно контролирует их для того, чтобы определить, когда цикл прогрева двигателя и трансмиссии закончится. Как только температура охлаждающей жидкости двигателя достигает рабочего значения, так сразу же все блоки управления, находящиеся на борту автомобиля, переходят на нормальный (штатный) режим работы.

Для управления трансмиссией в штатном режиме работы в память ее блока управления записано несколько программ переключения передач: экономичная, спортивная, движения по скользкой дороге и др. Для реализации той или иной программы в автомобилях более ранних годов выпуска рядом с рычагом выбора диапазона расположен специальный переключатель, который в зависимости от марки автомобиля может иметь различные обозначения: «POWER», «COMFORT», «S», «SPORT». «AUTO», «A/Т MODE», «WINTER», «W», «HOLD», и т.п.

На современных автомобилях выбор «экономичной» или «спортивной» программы работы системы управления коробки передач осуществляется автоматически в зависимости от характера воздействия водителя на педаль управления дроссельной заслонкой. При плавном, спокойном характере воздействия на эту педаль реализуется экономичная программа управления трансмиссией. Спортивную программу блок управления выбирает тогда, когда получает информацию о постоянном, резком воздействии на педаль управления дроссельной заслонкой. Кроме того, современные системы управления способны автоматически предотвращать нежелательное переключение с третьей на четвертую передачу. Это может происходить, например, при движении с прицепом, когда двигатель имеет большую нагрузку, или при движении по дороге с большим уклоном. Если перед движением под уклон автомобиль двигался на четвертой передаче, то в начале движения под уклон система управления автоматически произведет переключение на третью передачу. Системы управления, способные автоматически подстраиваться под манеру управления водителем автомобиля и учитывать внешние условия движения, называются адаптивными.

Экономичная программа настроена на обеспечение движения с минимальным расходом топлива. В этом случае повышающие переключения происходят приблизительно при достижении оборотов двигателя средних значений, что соответствует на характеристике расхода топлива минимуму. Движение автомобиля в этом случае имеет плавный, спокойный характер.

Спортивная программа настроена на максимальное использование мощности двигателя. Поэтому повышающие переключения происходят в районе максимальных оборотов двигателя, при которых двигатель развивает максимальную мощность. Автомобиль в этом случае развивает, по сравнению с экономичной программой, значительно большее ускорение.

Электронные блоки управления практически всех современных автомобилей имеют специальную программу трогания с места на скользкой дороге. Суть этой программы, как правило, сводится к тому, что автомобиль начинает движение не с первой, а со второй передачи. В дальнейшем разрешены все переключения, кроме включения первой передачи.

В случае возникновения в трансмиссии или системе управления неисправности, которая может привести к серьезной поломке АКПП, блок управления начинает работать по программе защиты трансмиссии, что позволяет автомобилю добраться своим ходом до ремонтной мастерской или гаража.

Обычно в режиме защиты в коробке передач включается одна какая-либо передача и запрещены все переключения. Номер передачи, включаемой в защитном режиме, как правило, соответствует передаче, на которой все соленоиды переключения находятся в выключенном состоянии. Кроме того, в защитном режиме в основной магистрали устанавливается максимальное давление и запрещается блокировка гидротрансформатора.