Системный анализ применительно к логистике представляет собой методологию исследования или упорядочения (структуризации) логистической системы. Под упорядочением (структуризацией) понимается расположение элементов логистической системы в определенной последовательности в зависимости от некоторых их признаков. Также употребляется термин «систематизация». Систематизация - это объединение предметов или знаний о них путем установления существенных связей между ними, порядка между частями целого на основе определенных закономерностей, принципов или правил.

Специалисты по логистике вначале анализируют и синтезируют только элементы или подсистемы сложных слабо структурированных логистических объектов, а не всю систему в целом. Поэтому при композиции элементов (подсистем), подвергнутых анализу, в систему не получается целостный результат. Это объясняется тем, что, с одной стороны, свойства целостной системы больше, чем сумма свойств их элементов, с другой - многие сложные логистические объекты слабоструктурированы. Это означает, что такие объекты являются сложными и нельзя их четко разбить на отдельные составные элементы, из которых как из кирпичиков собирается целостный образ (система). Поэтому изучение слабоструктурированных логистических объектов «снизу», от элементов, как правило, малоэффективно. Нельзя менять свойства элементов без учета свойств системы, так как система как целостный образ всегда доминирует над элементами.

Для этого, прежде всего, необходимо выделять целостные, интегративные свойства, которыми обладает логистический объект или которые нужно ему придать путем реорганизации, внешнего или внутреннего управления и лишь затем выявлять в нем соответствующие элементы и связи или достраивать их.