В центре методологии системного анализа находится операция количественного сравнения альтернатив, выполняемая с целью выбора альтернативы, подлежащей реализации. Если требование равнокачественности альтернатив выполнено, то могут быть получены количественные оценки. Но для того чтобы количественные оценки позволяли осуществить сравнение альтернатив, они должны отражать участвующие в сравнении свойства альтернатив (выходной результат, эффективность, стоимость). Достичь этого можно, если учтены все элементы альтернативы и даны правильные оценки каждому элементу. Так возникает идея выделения «всех, элементов, связанных с данной альтернативой», т.е. идея, «всестороннего учета всех обстоятельств». Выделяемая этим определением целостность и называется системой.

Но как выделить эту целостность, «систему», как установить, входит ли данный элемент в данную альтернативу или нет? Единственным критерием может быть участие данного элемента в процессе, приводящем к появлению выходного результата данной альтернативы. В этой связи понятие процесса оказывается центральным понятием системного анализа.

Система определяется заданием системных объектов, свойств и связей. Системные объекты - это вход, процесс, выход, обратная связь и ограничение.

Входом называется то, что изменяется при протекании данного процесса. Во многих случаях компонентами входа являются «рабочий вход» (то, что «обрабатывается») и процессор (то, что «обрабатывает»). Выходом называется результат или конечное состояние процесса. Процесс переводит вход в выход. Способность переводить данный вход в данный выход называется свойством данного процесса. Связь определяет следование процессов, т.е. что выход некоторого процесса является входом определенного процесса. Выделить систему - значит указать все процессы, дающие данный выход.