Системный анализ не может быть полностью формализован, но можно выбрать некоторый алгоритм его проведения.

Системный анализ может выполняться в следующей последовательности1:

1) постановка проблемы - отправной момент исследования. Исследованию сложной логистической системы предшествует работа по структурированию проблемы;

2) расширение проблемы до проблематики, т.е. нахождение системы проблем, существенно связанных с исследуемой проблемой, без учета которых она не может быть решена;

3) выявление целей: цели указывают направление, в котором надо двигаться, чтобы поэтапно решить проблему;

4) формирование критериев. Критерий - это количественное отражение степени достижения системой поставленных перед ней целей, правило выбора предпочтительного варианта решения из ряда альтернатив. Критериев может быть несколько. Многокритериальность является одним из способов повышения адекватности описания цели. Критерии должны описать по возможности все важные аспекты цели, но при этом необходимо минимизировать число необходимых критериев, например путем агрегирования;

5) агрегирование критериев. Выявленные критерии могут быть объединены либо в группы, либо заменены обобщающим критерием;

6) генерирование альтернатив и выбор с использованием критериев наилучшей из них. Формирование множества альтернатив является творческим этапом системного анализа;

7) исследование ресурсных возможностей, включая информационные ресурсы;

8) выбор формализации (моделей и ограничений) для решения проблемы;

9) построение системы;

10) использование результатов проведенного системного исследования.