Относительно подобия логистического объекта и его модели говорят, что они изоморфны, если существует взаимно однозначное соответствие между элементами и связями объекта и модели, и гомоморфны, если соответствие однозначно лишь в одном из аспектов. Для моделей обычно характерно отношение гомоморфизма.

Составление модели каждый раз представляет собой творческое действие, так как отсутствует общая методика перехода от логистического объекта к модели. Каждый специалист по логистике опишет увиденное по-своему: один будет максимально реалистичен и постарается прорисовать все детали, а другой поставит задачу передать собственное ограниченное субъективное понимание. При формировании модели успех процедуры зависит от одаренности исследователя, его опыта, интуиции и владения выбранным инструментом.

Для всестороннего изучения логистической системы может потребоваться множество моделей. Это объясняется тем, что логистическая система многогранна, а специалиста по логистике обычно интересует какой-либо один аспект системы. Он, исходя из потребностей потребителей, может установить состав исследуемых свойств логистической системы и сформулировать требования к точности описания протекающих процессов. Из этого следует, что в качестве первого классификационного признака можно ввести деление по функциональным свойствам логистической системы, которые должны быть отражены в модели.

Другим общим признаком классификации является степень детализации модели, или глубина изучения анализируемой логистической системы. Для практического применения модели требуется, чтобы в распоряжении специалиста по логистике было как обобщенное представление об изучаемом логистическом объекте или процессе, так и скрупулезное описание деталей его функционирования, что необходимо для проверки строгости агрегированного образа.