Когда проблема поставлена в соответствии с требованиями системного подхода, построение адекватного ей предмета исследования осуществляется уже на основе общеметодологических соображений, которым подчиняется этот этап исследования, и с привлечением тех средств и методов, которые выработаны для этого в рамках методологии системного исследования. Речь идет, прежде всего, о понятийном аппарате, а также о некоторых специализированных формальных средствах, созданных для описания определенных конкретных типов системных объектов.

Проблема определяется как ситуация, в которой есть два состояния: существующее и планируемое. В каждом состоянии имеется набор объектов, свойств и связей, объединенных в логистическом процессе. Каждое состояние может быть описано как система. Чтобы перейти от существующего состояния к планируемому, должен быть изменен существующий набор объектов, свойств и связей. Изменение в объектах может означать, например, изменение части оборудования; изменение в свойствах может принимать форму увеличения количества логистического персонала; изменение в связях может указывать на новое распределение ответственности логистического персонала.

Проблема характеризуется содержащимся в ней неизвестным и условием. Может быть одна или много областей неизвестного. Неизвестное может быть определимо качественно, а не количественно. Количественной характеристикой может служить диапазон оценок, представляющих предполагаемое состояние неизвестного. Неизвестные есть количества, подлежащие нахождению. Поэтому определение одного неизвестного в терминах другого может быть противоречивым или избыточным. Неизвестные могут быть выражены только в терминах известного, т.е. такого, объекты, свойства и связи которого установлены. Известное определяется как количество. Существующая логистическая система может содержать и известное, и неизвестное. Это означает, что существование неизвестности может не препятствовать способности логистической системы функционировать.