В основе «жесткой» системной методологии лежит определение альтернативных способов достижения заданной цели и выбор альтернативы, удовлетворяющей заданным критериям. Для этого создается модель, обычно количественная, позволяющая генерировать и сравнивать различные альтернативы. Главная особенность «мягкого» системного подхода, отличающая его от этой схемы, состоит в том, что он включает фазу сравнения, сопоставления моделей с описанием исходной проблемной ситуации. Это сравнение может осуществляться, в частности, путем «наложения» концептуальных моделей на исходное представление о проблемной ситуации. Однако, как подчеркивает П. Чекленд, это далеко не единственный метод: возможны разнообразные способы сопоставления концептуальных моделей с реальностью, как она представлена в картине исходной проблемной ситуации. Так, они могут быть использованы в качестве основы для более глубокого понимания проблемной ситуации путем дополнительного обследования изу чаемой логистической системы. Результаты моделирования могут стать средством для формулирования и систематизации множества вопросов относительно исследуемой системы, обращенных к соответствующим субъектам, или инициировать обсуждение специалистами по логистике тех проблем, к разрешению которых они стремятся. Это наиболее сложная стадия анализа, требующая взаимодействия специалистов по логистике не только с менеджерами, принимающими решения, но и с операционным персоналом предприятия, потребителями и поставщиками.

Объектом исследования являются логистическая система и процессы в целом в их взаимодействии со средой.

Принципиально важно различать исследования системного (сложного) объекта и системное исследование такого же объекта .