Немаловажное значение имеет вопрос о соотношении функции и цели системы, особенно для целенаправленных логистических систем. Нередко цель и функция либо отождествляются, либо функцию считают подчиненной цели. По определению функция отражает назначение системы, ее роль в среде и является объективно обусловленной средой. Цель, наоборот, выражает внутренние потребности системы, следовательно, об отождествлении цели и функции или подчинении их друг другу речь идти на должна. Можно утверждать лишь, что каждая из них в состоянии препятствовать, или не препятствовать осуществлению другой цели или функции. При этом приоритетная роль принадлежит функции, поскольку именно от нее зависит возможность функционирования системы. Если функция не выполняется, то влияние среды может быть для системы разрушительным. В то время как обратное верно не всегда - если система выполняет свою функцию, то недостижение цели, как правило, не несет непосредственной угрозы разрушения. Например, если какое-либо предприятие не удовлетворяет потребности потребителей своей продукции (функция), то рано или поздно оно разорится. Если же, удовлетворяя потребности, предприятие не получает прибыль (одна из возможных целей), то оно вполне может функционировать значительное время.

Конечно, цель оказывает значительное влияние как на структуру, так и на развитие системы и наряду с функцией признается системообразующим фактором, но при решающей роли функции.

Системный подход гласит, что система функционирует одновременно как целое и как часть вышестоящей системы и поэтому имеет две цели:

1) главную цель - самосохранение;

2) функциональную цель - сохранение вышестоящей системы, в которую данная входит как часть.