Объективную оценку безопасности системы можно произвести, наблюдая за ее состоянием. Для этого следует сформировать область безопасных состояний, выделив все режимы, приводящие к разрушению системы. Область безопасности может быть сформирована на основе полномасштабного моделирования функционирования управляемой системы в реальных условиях действия на нее всех возможных возмущений. Для своевременного принятия мер по предотвращению нарушения целостности системы создается «запас» безопасности, обеспечивающий необходимый ресурс времени. Введение «запаса» влечет за собой уменьшение области безопасности.

Для формирования оперативной системы мер по недопущению превращения угроз в губительные для системы последствия целесообразно использовать информацию о входных воздействиях со стороны среды и отклонениях параметров системы. Это позволяет подвергнуть анализу не следствия (опасные изменения состояния), а причины появления угрожающих состояний. Однако такой путь связан с усложнением логистической системы как в алгоритмическом смысле, так и информационном - требуются сведения об угрозах функционирования системы.

Объединение информационных потоков о состоянии логистической системы и причинах его изменения даст наилучшие результаты с позиций как простоты реализации, так и эффективности системы обеспечения безопасности.

При организации мер безопасности целесообразно распределить усилия, создав два механизма. Внешний механизм безопасности обращен на среду и имеет задачу парировать воздействия, оказываемые средой на систему; внутренний - призван ликвидировать опасность от воздействий, проникших через внешний механизм, и основной целью имеет борьбу с внутренними угрозами. Последние включают в себя трансформацию структуры и отклонения параметров за пределы области безопасности.