Развитие комплексного подхода происходит в рамках знаний многих наук, выступающих обособленно. Представители каждой из них видят свою науку базовой. Причем развитие осуществляется на уровне уже существующих знаний каждой дисциплины с последующим суммированием.

Развитие же системного подхода происходит в рамках одной науки - системологии (теоретической дисциплины, рассматривающей методологические проблемы и модели сложных систем). Она носит общетеоретический характер и отражает интеграционные процессы между элементами разных наук, пронизывающих системную логику как единое целое. Причем развитие осуществляется на уровне новых (синтезирующих) знаний, носящих системообразующий характер (установление различных связей, принципов, законов, закономерностей). Так как комплексный подход включает ряд методов эмпирического порядка, не имеющих своих принципов, то он отражает организационно-методологический подход в исследовании, проектировании, производстве. Системный подход - чисто методологический, всесторонний подход, характеризует более высокий теоретический уровень, частью которого является комплексный подход. Поэтому системный подход более полный, правильный, ближе к природе логистических систем, объективный, в отличие от комплексного подхода как субъективного, приближенного.

Логистический объект всегда многогранен и требует всестороннего подхода. Нужны специалисты разных профилей, вырабатывающие стратегию. Всесторонность входит в комплексный подход как частное требование, в системный подход

- как методологический принцип. Если комплексный подход вырабатывает стратегию и тактику, то системный подход - методологию и методы. Для системного подхода характерна строгость, которой нет у комплексного подхода. Системный подход имеет дело с объектами как системами, состоящими из закономерно структурированных и функционально организованных элементов. Если системный подход применяется только для системных объектов, то комплексный подход не обязательно для таковых. Объект может быть целостным, но не системным, ибо не обладает структурой.