Особенности развития региональной логистической системы связаны с наличием общехозяйственной специализации, экономическими, природно-климатическими, экономико-географическими особенностями. Основным фактором, определяющим характер отличий, складывающихся в региональных логистических системах, является ресурсный потенциал территории. Ресурсы определяют специализацию, настоящее и будущее развитие. Следующим приоритетным фактором является степень деловой активности в регионе и наличие развитой транспортной инфраструктуры. Разные региональные логистические системы имеют много общего, так как удовлетворяют в основном внутрирегиональные потребности (потребности населения и производственные потребности).

Направления развития обусловлены также и его целями. Априори непросто определить, какие цели будут общими, а какие приведут к различиям. Однако часть целей, например, социальные и экологические, монет формироваться в разных региональных экономических системах.

Стратегическое планирование логистической системы региона должно происходить в соответствии с общими принципами регионального экономического планирования: приоритетность; заинтересованность; комплексность; эластичность; пропорциональность; альтернативность; преемственность; сбалансированность; эффективность; системность; иерархичность; обеспеченность; реальность; конкретизация; сочетаемость; формализуемость. Но эти принципы имеют особенности при разработке планов развития регионов и отдельных элементов регионального хозяйственного комплекса (в частности, системы транспортного обслуживания региона (СТОР)). СТОР - это совокупность элементов транспортной инфраструктуры, т.е. той подсистемы, которая удовлетворяет потребности в перемещении грузов и пассажиров в регионе. Особенности развития СТОР связаны с общехозяйственной специализацией региона, экономическими, историческими и природно-климатическими условиями.